定期借地権付き不動産は、通常の価格の6〜8割程度の価格帯で販売されていることが多いので、価格的なメリットがあるといえます。
なお、所有権とは異なる制約がありますのでの、十分確認して検討を進めましょう。
また、ランニング費用としては、土地の固定資産税は地主が払い、その代りに地主に地代を支払う必要があります。
ご質問の住宅ローンについてですが、
まず、フラット３５は定期借地権付き不動産に対応しています。
一般の銀行の住宅ローンについては、一部の銀行で定期借地権付き不動産に対応していますが、すべての銀行で定期借地権住宅に対応しているわけではないので注意が必要です。
また、対象となる土地建物に抵当権（または質権）の設定が必要となります。
もうひとつの注意点としては、住宅ローン控除に関することです。
定期借地権の契約によって住宅ローン控除の取扱が異なるようですが、以下では保証金について説明します。
定期借地権の保証金は将来返還されるため定期借地権の取得の対価とはならないのですが、保証金が返還されるのは契約期間終了後になるため、その現在価値と保証金の差額を取得の対価に該当するものとして住宅ローン控除の適用対象とすることができるようです。
定期借地権付建物を購入した者が住宅借入金等特別控除を受ける場合の土地等の取得の対価（国税庁）
いずれにしろ、定期借地権付き不動産、特にフラット３５以外で銀行等からの借入を検討するのであれば、事前に金融機関及び税務署に問い合わせるか、住宅ローンの専門家に相談しておくのがよさそうです。
定期借地権付き不動産を検討されるときは、住宅ローンに関わらず、定期借地権付き不動産のメリット・デメリットを十分理解しておきましょう。
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※ 定期借地権付建物を購入した者が住宅借入金等特別控除を受ける場合の土地等の取得の対価（国税庁）のURLを修正しました（2019/04/23)
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