フラット35は、取扱い金融機関が300社以上あり、金利と手数料については、一定の条件を満たせば、自由に設定することができます。
まずは金利の比較についてです。
ただ、フラット35には「買取型」と「保証型」の２種類があり、商品設計が異なります。
「買取型」は、金利について最低金利が決まっていて、それを下回る金利の設定はできませんが、「保証型」の場合は、金利の設定に制限がありません。従って、「買取型」よりも「保証型」の方が、金利が低くなることがあります。
現在、「買取型」よりも低い金利を設定している「保証型」を取り扱う金融機関は、日本住宅ローン、ＡＲＵＨＩ、財形住宅金融、広島銀行などです。ただ、低い金利を利用するためには、融資率（物件価格に占める融資額の割合）が80％以下とか、90％以下というように条件がつきます。
従って、フラット35の利息額をなるべく安くするには、融資率を80％にできるなら「保証型」がよいでしょう。融資率が90％超であれば、「買取型」の最低金利となるでしょう。
次に、諸費用を比較しましょう。最低金利の商品は、融資手数料が融資額に対して定率で設定されていて、それなりに高くつきます。それに対し、金利は最低ではなくても、諸費用が定額等で安く設定されている商品もあります。どちらがよいかは、単独で判断すべきではありません。。
最後に、つなぎ融資の費用の比較です。土地代や工事代金の支払のため、つなぎ融資を利用する場合には、その費用も計算して比較すべきです。（分譲・建売などの場合には利用しません。）
つなぎ融資は、フラット35の取扱金融機関が用意していますが、自分が引っ張ってきた商品を使っても問題ありません。ただ、それなりに費用がかかるので、きちんと計算することをお勧めします。
ということで、なるべくコストを安くするためには、上記の３つをすべて合計して比較すべきです。
金利、諸費用、つなぎ融資のすべてを合計し、最も安い商品を選ぶのがよいでしょう。特に、つなぎ融資の費用は金融機関によってかなり差がつきます。
条件次第では、「保証型」の方が金利が低くても、「買取型」の方が安くなることもあります。
その他の項目は、検討すべき選択肢としては優先順位をおとしてよいでしょう。
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